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通常生物有機(jī)肥發(fā)酵都會選擇好氧發(fā)酵， 好氧發(fā)酵是有機(jī)肥翻拋設(shè)備在糞便堆肥的情況下，利用好氧微生物作用來達(dá)到無害化、穩(wěn)定化，進(jìn)而轉(zhuǎn)變?yōu)閮?yōu)質(zhì)有機(jī)肥的方法。比較而言，好氧堆肥具有工藝簡單、投資少、運(yùn)行費(fèi)用低的特點(diǎn)，能有效殺滅病原微生物，是一種安全、有效、經(jīng)濟(jì)的合理處理處置方式。

發(fā)酵設(shè)備有很多，其中自走式翻拋機(jī)、槽式翻堆機(jī)廣泛用于有機(jī)肥廠，復(fù)混肥廠，污泥垃圾場，園藝廠以及雙鮑菇種植廠等發(fā)酵腐熟和去除水分作業(yè)，而有機(jī)肥發(fā)酵罐是利用機(jī)械攪拌器的作用，使空氣和發(fā)酵液充分混合，促使氧在發(fā)酵液中溶解，以保證供給微生物生長繁殖、發(fā)酵所需的氧氣。又稱通用式有機(jī)肥發(fā)酵罐。

隨著科技水平的發(fā)展，有機(jī)肥發(fā)酵設(shè)備也是多種多樣，有機(jī)肥發(fā)酵設(shè)備的型號不同、材質(zhì)不同、生產(chǎn)的廠家不同，價格也會不同。有機(jī)堆肥的發(fā)酵過程簡單可分為以下4個階段：

發(fā)熱階段

堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中溫、好氣性的種類為主，.常見的是無芽孢細(xì)菌、芽孢細(xì)菌和霉菌。它們啟動堆肥的發(fā)酵過程，在好氣性條件下旺盛分解易分解有機(jī)物質(zhì)（如簡單糖類、淀粉、蛋白質(zhì)等），產(chǎn)生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20℃左右上升至40℃，稱為發(fā)熱階段，或中溫階段。

堆肥不當(dāng)?shù)亩逊剩挥泻芏痰母邷仄?，或者根本達(dá)不到高溫，因而腐熟很慢，在半年或者更長時期內(nèi)還達(dá)不到半腐熟狀態(tài)。

高溫階段

隨著溫度的提高，好熱性的微生物逐漸取代中溫性的種類而起主導(dǎo)作用，溫度持續(xù)上升，一般在幾天之內(nèi)即達(dá)50℃以上，進(jìn)入高溫階段。在高溫階段，好熱放線菌和好熱真菌成為主要種類。它們對堆肥中復(fù)雜的有機(jī)物質(zhì)（如纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)等）進(jìn)行強(qiáng)烈分解，熱量積累，堆肥溫度上升至60℃，這對加快堆肥的腐熟有很重要的作用。

降溫階段

當(dāng)高溫階段持續(xù)一定時間后，纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)大部分已被分解，剩下很難分解的復(fù)雜成分（如木質(zhì)素）和新形成的腐殖質(zhì)，微生物的活動減弱，溫度逐漸下降。當(dāng)溫度下降到40℃以下時，中溫性微生物又成為優(yōu)勢種類，如果降溫階段來得早，表明堆制條件不夠理想，植物性物質(zhì)分解不充分。這時可以翻堆，將堆積材料拌勻，使之產(chǎn)生第二次發(fā)熱、升溫，以促進(jìn)堆肥的腐熟。

腐熟保肥階段

堆肥腐熟后，體積縮小，堆溫下降至稍高于氣溫，這時應(yīng)將堆肥壓緊，造成厭氣狀態(tài)，使有機(jī)質(zhì)礦化作用減弱，以利于保肥。

簡而言之，有機(jī)堆肥的發(fā)酵過程實(shí)際上就是各種微生物新陳代謝、繁殖的過程。微生物的新陳代謝過程即有機(jī)物分解的過程。有機(jī)物分解必然會產(chǎn)生能量，這些能量推動了堆肥化進(jìn)程，使溫度升高，同時還可干燥濕基質(zhì)。